Fundado a partir de um Programa de Cooperação Cultural entre o Brasil e países da África, o museu permite a seus visitantes uma breve reflexão sobre a importância dessa matriz para o desenvolvimento da sociedade brasileira, através de importantes elementos materiais, representativos dessas culturas. O espaço apresenta ainda conteúdos que facilitam a compreensão dos aspectos históricos, artísticos e etnográficos que identificam as sociedades africanas.
Sua instalação se deu por meio de um acordo entre os ministérios das Relações Exteriores e da Educação e Cultura do Brasil, o Governo da Bahia, a Prefeitura Municipal de Salvador e a Universidade Federal da Bahia, sob a direção da professora Yeda Pessoa de Castro, que também estava à frente do Centro de Estudos Afro-Orientais (CEAO). O CEAO foi executor do programa que deu origem ao Museu e hoje é responsável por sua manutenção.
Ao ser criado como espaço de pesquisa e divulgação de temas relacionados a países africanos, a diáspora e as comunidades negras, o Mafro foi pioneiro na Bahia e no Nordeste. Além disso, a unidade tem o dom de “lançar um olhar de reencontro sobre a África e demarcar questões da comunidade negra na Bahia e no Brasil”.